Tutorial for BioNLP 自学途径指引

一些如何自学入门的建议

什么是BioNLP? 它有哪些基本问题?

BioNLP是生物医药自然语言处理的缩写。它所覆盖的主要基本问题来自两个方向:

搬。一是如何把NLP领域的基本方法和理论引(搬)入(动)到生物、医药领域的对应场景,譬如给定领域的本体(受控词汇表)设计、实体识别、关系抽取、图谱构建。这是个搬的问题;

用。二是如何将文献、健康记录、社交媒体等自然文本中挖掘出来的知识,与生物信息学、医疗信息学等背景科学进行知识融合?这是个用的问题。

什么是BioNLP
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生物问题中的实体识别
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Jingbo’s HZAU BioNLP 课题组的研究兴趣

课题组开发了AGAC语料库,主要用以捕获生物文献自然文本中的突变下游分子机理。更多有关AGAC定制化语料库的开发,以及其在生物信息中的应用,请参考AGAC Portal

AGAC 语料库设计思路 2017年
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生物信息学语料库开发-人工开发AGAC
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生物信息学语料库开发- 自动化开发LitCovid-AGAC
(Narrator: Sizhuo Ouyang)
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AGAC语料文本和组学数据融合
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课题组正开发RTO本体,主要用以定义水稻性状,并做水稻“性状-基因”关联的挖掘。更多有关RTO的开发,以及其在生物信息中的应用,请参考RTO project

RTO 水稻性状本体的构建和富集工具的开发
(Narrator: Yun Liu)
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课题组培养的主要能力

业务能力主要包括撸公式,搞代码,标数据;同时包括生态缸养殖、双翘板滑行、拿铁制作、骑行、爬坡等其他重要能力。

公式推导日常
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代码讲解日常
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标数据日常
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生态缸养殖日常
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咖啡制作日常
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狮子山绿道滑行日常
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骑行爬坡
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看油菜花
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爬坡
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ʕ•ᴥ•ʔ咻咻~~~

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Expert

Links to lab projects:

▶ BioNLP 新手通道

▶ 课题组组员通道 (隐藏)

▶ 课题组课题页

Let’s make something beautiful together.

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