Author Archives: hzaubionlp

http://lit-evi.hzau.edu.cn/MaizeAlterome/home/ 我们（DeepSeek）谨此介绍一项于2025年下半年在武汉组织的学术活动——“玉米文献知识库（MaizeLitBase）共享任务”。该活动由多国研究人员共同参与，旨在探索通过文本挖掘与知识工程技术，构建面向玉米育种的文献证据知识系统。 1. 活动背景与目的 玉米作为重要的粮食与经济作物，其遗传机制复杂，相关研究文献增长迅速。目前主流的玉米基因组数据库在提供详细的、句子级别的基因-表型关联文献证据方面尚有提升空间。本活动因此尝试构建一个名为MaizeLitBase的专题知识库，旨在对科学文献中的相关实体（如基因、性状）进行识别、规范化，并提取其关联关系，以期将非结构化的文本信息转化为结构化、可关联至标准本体（如GO、TO）的知识，从而为育种研究提供可能的文献证据支持。 2. 主要研究议题 活动聚焦于多个自然语言处理与生物信息学交叉领域的技术探索，包括但不限于： 文献句子级别的语义索引与分类 命名实体识别与概念规范化（针对玉米基因与性状） 基因-表型等关系的抽取 多组学数据与文献的协同管理 知识图谱的构建方法 大语言模型及相关技术在上述任务中的应用潜力评估 3. 数据基础 项目构建及研究所基于的数据集具有以下规模： 文献时间跨度：1985年至2025年 涉及PubMed文献（PMID）数量：34,757篇 处理的原始句子总数：约368万条 已完成初步生物实体标注的句子：约280万条 标注涉及的基因提及次数：约8万次，对应独特玉米基因约2.96万个数据可通过提供的API接口进行访问与查询。 4. 组织方式与参与情况 活动以多个并行的子课题项目形式开展，目前已列出9个项目，涵盖从数据质量评估、金标准数据集构建到知识图谱搭建及知识产权考量等多个方面。参与者包括来自中国、法国、希腊、瑞士、日本、西班牙等国研究机构的学生与研究人员。活动由来自上述国家相关机构的12位学者组成的程序委员会提供指导。

由玉子（たまご ）聊到西方文明、中国神话，以及南亚次大陆的一小段历史演进。这是个多极化的世界。

谢谢到访期间的所有讨论，和对课题组小同学们的耐心指导。 20天上下的每日学术讨论十分密集和印象深刻。

谢谢来自French National Research Institute for Sustainable Development (IRD，法国国家可持续发展研究所)的皮尔，以及来自French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE，法国国家农业食品与环境研究院)的罗伯特、克蕾尔、安索菲。围绕农业文献知识抽取的讨论十分有益。

谢谢毕业学姐对师弟师妹的指导。常回来转转，感受青春氛围，迸发艺术风采。 古诗云：“羽扇纶巾，谈笑间，雅思7分常在，樯橹灰飞烟灭。”

RT

泽宇为第一作者，留学生Javeed和本科组员刘枭等参与的研究工作《“大脑连接结构阐释和知识蒸馏的图级异常检测”/Graph-level Anomaly Detection of Brain Connectivity with Structure Interpretation and Knowledge Distillation》被BIBM接收。感谢何老师联合指导。 论文摘要： Graph-level anomaly detection is a critical yet underexplored task, especially in the neuro-imaging domain the early identification of abnormal brain patterns is vital. In this paper, we propose KDGAE, a lightweight and generalizable graph autoencoder framework based on knowledge distillation. The architectureContinueContinue reading “Congrats, 本科小朋友研究工作被BIBM2025接收”

近日，由中国学术英语教学研究会主办的“中国大学生5分钟科研英语演讲大赛”决赛在河南洛阳落幕。经层层选拔和激烈角逐，我院生物信息学专业研究生刘雅文、李庆华、徐鑫鑫、潘虹羽组成的学生团队在指导教师李国亮教授和余隽老师指导下，凭借极具创新性的研究课题“Spy War in the Genome HPV Invasion in 3D Chromatin and Our Counterattack（基因组间谍战：三维染色质视角下的HPV入侵与反制）”斩获全国特等奖。https://coi.hzau.edu.cn/info/1561/52661.htm?_refluxos=a10

欢迎两位瑞师弟加入HZAU-BioNLP课题组。 琪瑞、瑞祥，幸运在握。