BioNLP and Knowledge Discovery, Course Note

— A Course for Graduates and Junior/Senior Undergraduates

Contents

• 1 《BioNLP 和课程介绍》
• 2 《词汇计算基础》主要介绍终端命令和语料库的基本词汇学调研和展示。所搭配实验是针对语料文本的词汇学分析。
• 3 《本体和本体富集》主要介绍 GO，HPO 和 PTO 三类本体。所搭配实验室针对该三类本体的富集分析，对目标基因集合进行本体条目相关性分析。
• 4 《PubMed 实体识别和 Shell 编程》开始涉及到生物实体 NER 的结果收集。所搭配的实验是针对特定主题(例如 AD，Covid-19 等疾病)的 PubTator 文本标注展开生物信息学知识发现。
• 5 《依存树分析》开始涉及到实体间的语法关系，便于做更精准的关系抽取。继续相应上述实验的一些方法进阶的要求。
• 6 《定制化生物医药语料库》介绍 AGAC 语料库。
• 7 《词表示和词嵌入》介绍生物实体的向量化，以及有监督下的实体识别技术。所搭配实验是针对 AGAC 语料库的 Transformer 模型实现。

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Sample Chapter

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