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皮尔、罗伯特、克蕾尔、安索菲，Merci

谢谢来自French National Research Institute for Sustainable Development (IRD，法国国家可持续发展研究所)的皮尔，以及来自French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE，法国国家农业食品与环境研究院)的罗伯特、克蕾尔、安索菲。围绕农业文献知识抽取的讨论十分有益。

Congrats, 本科小朋友研究工作被BIBM2025接收

泽宇为第一作者，留学生Javeed和本科组员刘枭等参与的研究工作《“大脑连接结构阐释和知识蒸馏的图级异常检测”/Graph-level Anomaly Detection of Brain Connectivity with Structure Interpretation and Knowledge Distillation》被BIBM接收。感谢何老师联合指导。 论文摘要： Graph-level anomaly detection is a critical yet underexplored task, especially in the neuro-imaging domain the early identification of abnormal brain patterns is vital. In this paper, we propose KDGAE, a lightweight and generalizable graph autoencoder framework based on knowledge distillation. The architectureContinueContinue reading “Congrats, 本科小朋友研究工作被BIBM2025接收”

雅文领衔学生团队获“中国大学生5分钟科研英语演讲大赛”全国特等奖

近日，由中国学术英语教学研究会主办的“中国大学生5分钟科研英语演讲大赛”决赛在河南洛阳落幕。经层层选拔和激烈角逐，我院生物信息学专业研究生刘雅文、李庆华、徐鑫鑫、潘虹羽组成的学生团队在指导教师李国亮教授和余隽老师指导下，凭借极具创新性的研究课题“Spy War in the Genome HPV Invasion in 3D Chromatin and Our Counterattack（基因组间谍战：三维染色质视角下的HPV入侵与反制）”斩获全国特等奖。https://coi.hzau.edu.cn/info/1561/52661.htm?_refluxos=a10

课题组21年起开发的Rice Trait Ontology (v1.0)应邀发布在AgroPortal

访问链接/Link：https://agroportal.lirmm.fr/ontologies/RICE AgroPortal – 农业与生命科学语义共享平台 （内容由DeepSeek生成） AgroPortal 农业与生命科学的语义共享平台 平台简介 AgroPortal 是一个专为农业、食品、营养、植物、生物多样性及相关生命科学领域设计的在线平台。其核心使命是托管、共享和管理各类”本体”与”语义资源”。 简单来说，本体就像是机器能够理解的”高级词典”和”关系网”，它精确地定义了某个领域内的专业术语、概念以及它们之间的复杂关系。在科研数据日益增长的今天，不同研究机构和数据库往往使用不同的数据标准和术语，导致数据之间难以共享和比较，形成”数据孤岛”。 核心功能 AgroPortal 通过提供一系列强大功能来解决数据孤岛难题： 资源中心 集中托管和展示数百个经过注释的语义资源，方便用户查找和重用。 语义标注 研究人员可以利用平台上的标准本体为其数据（如基因序列、作物性状、实验数据）添加准确的语义标签，使数据变得机器可读、可理解。 促进互操作 平台支持将不同本体中的相似概念进行映射关联，从而打破壁垒，实现跨数据库的数据整合与联合分析。 背景与标准 该平台由法国国家农业食品与环境研究院（INRAE）主导开发与维护，并遵循国际万维网联盟（W3C）标准，确保了与国际语义网社区的兼容性。 AgroPortal 是推动农业科学研究数据实现 FAIR原则（可发现、可访问、可互操作、可重用）的关键基础设施，为智慧农业和跨学科研究提供了坚实的数据基石。 AgroPortal: A Semantic Sharing Platform for Agriculture and Life Sciences AgroPortal is an online platform specifically designed for hosting, sharing, and managing ontologies and semantic resources in the domains ofContinueContinue reading “课题组21年起开发的Rice Trait Ontology (v1.0)应邀发布在AgroPortal”

忆子铭老电影系列

上映时间：2023年7月。 主演：小帅，胡子叔，大强，小强，小美，等。 https://youtu.be/cmlrr6ZZhTM 旁白：这个男人叫小帅，他在一块硕大的黑板边写下了一些公式。从VAE的重参技巧，到一般的PGM模型的实例化过程中的重参化。 https://youtube.com/shorts/_pv6yC4Dw6Q 旁白：注意看，这个男人刚推完想坐下，就被胡子叔伸手拦住。。。 刚才小帅推导的结论，证明了$z_i=\log_i \pi_i + \varepsilon, \varepsilon follows U(0,1)$的重参过程，恰好能使Catogorial分布的抽样概率最大化，但他使用了“1，2，3，4，5，上山打老虎。” 胡子叔坚持认为要使用k一撇的符号定义，而且想否定小帅的高贵出身，无辜的小帅一脸无辜。可万万没想到，就在下一秒，胡子叔上去动了手。 不要眨眼，继续看，旁边一个男人提出Gumbel分布在重参实现过程中借用均匀分布采样，有利于采到Gumbel偏峰的两侧。原来这个男人是大强，他和小帅是从同一个编队毕业的。